מסלול ה-MA המחקרי מורכב מ-2 שנות לימודים פרונטליות, שאותן ניתן לרכז ביום לימודים אחד בכל שנה.
במהלך הלימודים התלמידים כותבים 2 עבודות סמינריוניות, וגולת הכותרת היא כמובן כתיבת עבודת הסיום ל-MA (תזה) בהנחייתו/ה של אחד מחברי סגל המחלקה. ניתן ללמוד גם לתואר שני בערוץ הכללי, ללא עבודת תזה.
בין הקורסים הנלמדים בתואר השני -
חסידים, משכילים ומתנגדים – כרוניקה של פולמוס | שטן, לילית, ושדים אחרים – פרקים בדמונולוגיה היהודית | דמותו של אליהו
הנביא במדרש האגדה ובספרות הרבנית | תולדות חסידות ברסלב | גיבורי המקרא בספר הזוהר | עיונים
בהגותם של אחד העם ושל הרב קוק.